Mit 20 Jahren gab er in Leipzig mit seinem eigenen, großen Unterhaltungsorchester Konzerte und dirigierte im Rundfunk regelmäßig eigene Arrangements und Kompositionen. Von 1951 bis 1953 war er Meisterschüler von Hanns Eisler. 1952 wurde er Chefdirigent des Unterhaltungsorchesters des Berliner Rundfunks. Daneben betätigte sich Natschinski als Komponist von Filmmusiken für die DEFA.

Seit den frühen 60er Jahren schuf Natschinski erfolgreiche Werke für das Musiktheater, sinfonische Werke und Orchester- und Konzertwerke der gehobenen Unterhaltungsmusik. 1960 wurde die Operette Messeschlager Gisela ein durchschlagender Erfolg, der sich 1964 beim Musical Mein Freund Bunbury, dem meistgespielten deutschen Musical, und seitdem bei allen seiner zwölf Bühnenwerke wiederholte. Sein abendfüllendes Ballett Hoffmanns Erzählungen stand über mehrere Jahre auf dem Spielplan der Komischen Oper Berlin, wo es 1986 in der Choreographie von Tom Schilling uraufgeführt wurde.

1978 wurde Natschinski zum Intendanten des Berliner Metropol Theaters berufen, diese Position gab er jedoch nach drei Jahren auf, um sich dem Komponieren zu widmen.

Natschinskis Schaffen wurde mehrmals mit internationalen Preisen sowie dreimal mit dem Nationalpreis für Kunst und Literatur der DDR ausgezeichnet. Er war langjähriger Delegierter beim CIAM der UNESCO und Vizepräsident des Komponistenverbandes der DDR. Er ist Mitglied der Beiräte der Dramatiker-Union und der Franz-Grothe-Stftung sowie der AG Drama.

Bis zu seinem Tod am 4. August 2015 lebte Gerd Natschinski in Berlin.