Der Dialog zwischen den europäischen und asiatischen Kulturen und Religionen und das Vereinen der Gegensätze neuester Kompositionstechniken und alter Musikideale ist ein wesentliches Merkmal der Kompositionen von Atsuhiko Gondai.

Er begann seine Kompositionsausbildung an der Toho Gauken School of Music und besuchte von 1990 bis 1992 als DAAD-Stipendiat die Staatliche Hochschule für Musik Freiburg. Von 1993 an lebte er in Paris und arbeitete als Wissenschaftler beim Japanese Government Overseas Study Program for Artists und bis 1995 studierte er Computermusik am Instutut de Recherche et de Coordination Acoustique/Musique (IRCAM).
Gondai hat langjährige Studien im Bereich der katholischen Kirchenmusik betrieben und in der Zusammenarbeit mit dem buddhistischen Priester Shomyo neue Wege des Austauschs der Musik verschiedener Religionen erforscht. Als Konzertveranstalter erreichte er mit seinem Geräuschmusik-Projekt MERZBOW die Zusammenführung von Künstlern verschiedener Disziplinen wie Filmemachern, Tänzern, Choreographen und Architekten. Er veröffentlichte erstmals 1999 ein eigenes Album auf CD: "ritratto rosa".